Tras la sesión (extra) del 6 de Marzo

Como pudisteis apreciar en esta última sesión, ya somos todos unos expertos. Y eso que estamos rodeados de las últimas pruebas del trimestre. Pero ayer fue toda una isla en medio de tanto estudio de exámenes. Debemos sorprendernos por lo bien que está saliendo todo.

Repasemos:

Día 8 de enero: nos dividimos las placas para aislar mutantes no-mucosos.

Día 14 de enero: ya se observan mutantes en las placas (bajo lupa).

Día 26 de enero: comenzamos a aislarlos clonalmente.

Día 31 de enero: ya confirmamos los aislados como no mucosos así como su procedencia de distintas colonas mucosas.

Día 5 de febrero: ¡nuestra primera electroforesis! Esta nos dio pie a pensar que ya teníamos toda una colección de fragmentos para analizar.

Dia 7 de marzo: Todavía nos quedaba saber si podíamos disponer de una segunda colección de fragmentos de ADN, ya procedente de nuestros mutantes.

¡¡¡Esto fue lo que resolvimos ayer!!! ¡¡¡Y con éxito!!! En la foto podéis ver el gel que nos salió. ¡¡¡Brillante!!!

Debemos repasar nuestra libreta y recordar cuáles son las bandas que escogimos para analizar. Os adjunto también la imagen de los mutantes, y ahora subrayados, aquellos que hemos escogido para el análisis.

Como os comenté ayer, nuestro EUREKA particular está cerca.

Las secuencias ya nos esperan ...

¡¡¡Hip Hip Hurra!!! 2e team.

Dr. Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Department of Microbiology

C/ Profesor Albareda 1

18008 Granada

Tras la sesión del 5 de febrero

Hola  todos:

Tras un poco de espacio de tiempo para asimilar, digerir, comprender (o semicomprender) el alcance de lo que hicimos ayer, ahí va una nueva entrada al blog. En ella podéis recordar lo que llevamos a cabo a través de las imágenes que se adjuntan. Pero por favor, no os quedéis solo en las imágenes, sino que estas sirvan para recordar al máximo lo que se dijo a lo largo de toda la sesión. Debemos interpretar varias cosas: cómo continuamos, a dónde vamos, qué queremos observar y cómo de cerca estamos de ello.

En la foto final (ver en Recursos/Imágenes: gel de agarosa I), podemos ver el resultado de la electroforesis de los amplificados correspondientes a los aislados previos al ocho de enero (ver la entrada anterior). Quiero que recordéis qué pusimos en la parte de arriba, el tamaño esperado y si todo concuerda. 

Pero sabemos que no todo concuerda. Por ejemplo, el número de pocillos arriba y abajo debía de ser el mismo. Eso es importante. Y se debe a algún error nuestro. Las matemáticas no engañan y donde había 15 tubos no pueda haber 16. ¿Qué ha pasado? ¿Cómo lo resolvemos?

Por otro lado tenemos a su vez diez nuevos aislados, lisados y con el DNA guardado para hacer el PCR doble (NifH y ExpR). Y una posible nueva cita, extra, para la semana del 3 al 7 de marzo.

¡¡¡APUNTADLO EN VUESTRAS AGENDAS!!!

¡¡¡AUPA 2e TEAM!!!

¡¡¡ESTAMOS CADA VEZ MÁS CERCA!!!

Dr Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Department of Microbiology

C/Profesor Albareda 1

18008 Granada

El estado actual de nuestra investigación

Hola a todos:

Tras el pasado miércoles, Miguel y yo estuvimos picando ya colonias individuales (clones) de las distintas placas extendidas. En la imagen tenéis el estado actual de nuestra investigación. Debemos anticiparnos a lo que estamos haciendo y pensar en tomar decisiones. Primero de todo debéis de entender el esquema y la figura. Repasadlo con vuestras libretas sobre lo que hicimos. Explicad el porqué de los colores y su posible significado (biológico). Una vez explicado será más fácil responder a las preguntas de ahí abajo. La decisión la debemos tomar entre todos. Secuenciar no es caro, pero no debemos hacerlo sin pensar.

Usad el blog para las respuestas.

Dr Francisco Martínez-Abarca
Estación Experimental del Zaidín - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda, 1. 18008 Granada.

Tras nuestra segunda sesión de investigación

Hola a todos:

Aquí os muestro algunas de las imágenes (ejemplos de colonias-recursos) que nos ayudarán a recordar mejor lo que llevamos a cabo en la sesión del pasado 23 jueves.

¿Qué llevamos a cabo? Nos familiarizamos con las técnicas clásicas de Microbiología y por otro lado comprendimos la dificultad de llevar a cabo aislamientos finos en casa y con palillos. De cualquier forma, hemos observado la aparición de variantes no mucosas, en especial en uno de los aislados ¿en cuál? Pero también nos surgen otras preguntas: ¿Cuántos aislados hemos decidido picar? ¿Qué vamos a hacer para finalmente tener colonias individuales, es decir, clones de esas variantes? ¿Por qué es importante tener esos clones, homogéneos? ¿Cuántos clones homogéneos llevamos en danza? Haced un recuento de vuestros apuntes y enumeradlos.

Deberemos tomar decisiones acerca de la mejor estrategia para responder a la pregunta del comienzo del proyecto. No debemos de obtener muchas secuencias sino solo las necesarias (las mínimas) para responder a la pregunta planteada.

Por otro lado, pusimos en marcha nuestras dos reacciones de PCR (mirad los documentos en recursos). Una para el gen NifH y otra para el gen ExpR. Quiero que lo analicemos en detalle y observemos semejanzas y diferencias entre ambos análisis. Y debemos de preguntarnos el porqué de estas reacciones de PCR. La segunda está clara, ExpR, el gen que queremos analizar. Pero ¿para qué ponemos la primera? Pista: también es importante... Quiero que dialoguemos entre todos, bien desde el blog, bien a través de chats. Sobre todo para ayudar a Paula, que no estuvo, y que a lo mejor esto le puede sonar a "chino".

Poniendo en marcha la PCR.

Dr. Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC.

Departamento de Microbiología

¡¡Ya se observan variantes no-mucosos!!

Como podéis imaginar, aislar un revertiente no es tan fácil como llevaros unas placas a casa, observarlas y picarlas con un palillo. Afortunadamente nos quedamos en el laboratorio réplicas de lo que os llevásteis. Han aparecido varios revertientes en algunas de las placas. Para localizarlos y señalarlos hemos necesitado la lupa que veis en la imagen, instrumento que durante vuestra visita no hubo tiempo para enseñaros (ese día ya anduvimos bastante liados).

De manera anticipada, me he centrado en aislar 4 derivadas de RMO17, tres de la placa de Maria José (RMO17-8; 1, 2, 3) y una de la placa de Paula (lRMO17-7.1, la que podéis ver en la fotografía). En total tenemos posibilidades de incrementar el número de revertientes y extender el análisis a cuatro nuevas colonias de RMO17. Os recuerdo que por motivos que ya os relataré eran los revertientes que nos podrían interesar más.
En el resto han aparecido también. Todas ellas las he guardado en el frigorífico a 4ºC. Quiero que guardéis las placas en la nevera (4ºC). Ponerlas en un taper y separadlas de los alimentos. No os preocupeis que es algo seguro y no supone ningún problema. Si no fuera seguro no os lo diría. Cualquier duda vuestra o de vuestra familia consultádmela. Y no olvidéis traedlas el próximo día.
En principio la próxima visita será el dia 21. Estad atentos fundamentalmente al blog.
 

  

Por cierto, alguien se aventuraría a enviar comentarios a las dos preguntas de Jose Luis:
Francisco, me han surgido dos dudas:
1-¿La bacteria mutará porque hemos realizado la estría escocesa?
2-¿RMO107, GR4 y AK21 son distintas bacterias del género Meliloti?
Podéis responder haciendo comentarios a esta entrada del blog.

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada
Spain

Tras nuestra primera sesión de investigación

Hola a todos de nuevo:

Tras el primer día intenso, no intensísimo, se trata de digerir el Flash con el que os he bombardeado. Bienvenidos al apasionante mundo de la INVESTIGACIÓN. Os recomiendo que no dejéis de mirar la primera entrada de nuestro blog de nuevo. Seguro que ahora la leéis de nuevo y todo os resultará mucho más familiar. De eso se trata, de que aunque solo hayamos pasado unas horas juntos parezca que nos conocemos de toda la vida.

Tan solo un par de cosas:

1) LA PRIMERA IMPRESIÓN.

Debéis titularla: "Mi primer día en Investigación; nuestro proyecto PIIISA". Insisto, mejor hoy que mañana (a lo largo de esta semana, pongamos). Tampoco exageremos; podemos ser más precisos, pero en realidad busco entender lo que habéis sentido o creéis que vamos a sentir. La ciencia, como todo actividad humana, está regida por los sentimientos...

2) Debéis pasar a limpio todas vuestras anotaciones. Si es en un cuaderno (tamaño cuartilla) de anillas, mejor. Las libretas del científico son hojas llenas de fotos pegadas, recortadas e impresas. Debemos apuntar todo lo que hemos hecho esta mañana y quien lo ha hecho (las colonias tienen nombre!!). Si lo hacemos así, una gran parte del proyecto estará más que bien encaminada. Cuantas más cosas recordemos mejor para la interpretación de todos los resultados que salgan.

Por último, analizaré en parte las fotos y vídeos que salgan, algunos de ellos los pondré en esta web. Quiero algún que otro comentario sobre ellos; y por supuesto que las hagamos lo más dinámicas posibles.

La próxima cita queda abierta, pero id pensando en el martes 21 de enero. 

Un saludo. 

Dr. Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Department of Microbiology. 

C/ Profesor Albareda, 1.
18008 Granada. Spain.

Bienvenidos

Ante todo, alumnos, coordinadores y profesores, bienvenidos al proyecto 2e 2014 PIIISA "Cómo mutan los genes". Comentaros que este es el tercer año que participo como investigador en el proyecto PIIISA y en esta ocasión lo hago con un proyecto con el que tengo más dudas acerca del resultado final que con los dos desarrollados en cursos anteriores. En la sección de recursos podréis encontrar los artículos correspondientes a los trabajos realizados en las ediciones precedentes. No se trata de entenderlos de momento, sino de verlos y asumir que nuestro proyecto actual es más que factible y que lo podemos llevar a buen puerto. Si los participantes de años anteriores pudimos, en esta edición no vamos a ser menos.

Aprovecho esta bienvenida para presentaros nuestro blog. Este ha de ser un instrumento dinámico en el desarrollo del proyecto. Una ventana en la que mostremos nuestros resultados, nuestras inquietudes, nuestras dudas y nuestras conclusiones. Quiero que sea aún más dinámica que la del proyecto anterior, y que impliquéis en ella a vuestros compañeros de clase, a vuestros profesores, familiares, amigos... a todo aquel que se pueda interesar por nuestro trabajo. Debe ser también un sitio en que conozcamos sus opiniones. En esencia, se trata de que entre todos lancemos un gran proyecto. Para ello necesito que os impliquéis y subáis la información que vayamos requiriendo con objeto de hacer público todo nuestro proyecto en cada uno de sus pasos. 

Ánimo, entre todos vamos a hacer un gran proyecto.

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada
Spain
Web:http://www.eez.csic.es/?q=en/node/42