PIIISA en Con Ciencia

Hola a todos:

Esta mañana, Domingo 1 de Junio, han puesto en canal sur un programa dedicado al PIIISA que podeis ver en el siguiente enlace: http://alacarta.canalsur.es/television/programa/con--ciencia/265
Un premio al que me diga en que momento sale una referencia a nuestro proyecto (usad el apartado comentario en el blog). Pista, solo nosotros nos daremos cuenta.
Un saludo y escucharlo, os sentireis reflejados en mucho de lo que ahi se cuenta.

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada Spain
Phone:+34 958 181600 ext. 311
Fax: +34 958129600"

IV Congreso PIIISA

Señores, ya sabemos lo que es un señor Congreso.

Me gustaría que analizáramos observando las distintas fotos lo que nos pasó el pasado Jueves 22 de Mayo. Esto que pudimos experimentar no es otra cosa que la fiesta de un gran congreso Científico. Donde se aportan ideas, se cargan las pilas, se conoce a grupos distintos, distintos enfoques e investigaciones. En resumen se interacciona con toda una comunidad científica (en este caso PIIISA). Como pudisteis comprobar tiene sus semejanzas y sus enormes diferencias con el Minicongreso EEZ-CSIC. Pero, ambos son necesarios:

Distintas gafas sobre un mismo objetivo.

¡Felíz final de curso y aún más, feliz verano!

 

 

 

 

No os desconectéis del todo, Ciencia en Acción se resuelve en julio...

Aupa super team 2e!!!

Enhorabuena a todos, vosotros, vuestros padres y a vuestros profesores.

 

Paco

 

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada // Spain “

Ya estamos en los medios

Como nos avisó el jueves pasado Javier Cáceres, los proyectos PIIISA ya están en los medios, y como no podía ser de otro modo, el nuestro es de los destacados. Comentemos la noticia con nuestros más allegados.

Hip, Hip, Hurra!!!!

 

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008
Granada
Spain

¡¡¡Qué bien lo hicimos!!!

Para ser nuestro primer congreso, la nota es de matrícula y alta. Señores... ¡qué nivel!. Incluso las respuestas a las preguntas de la sala fueron más que apropiadas. Pudísteis ver las distintas comunicaciones y lo buenas que fueron. Realmente para quitarse el sombrero.

 Ya los nervios superados, lo que queda a partir de ahora es disfrutar. El 22 de mayo nos veremos... Aunque quizá antes ¿no? No lo descartaremos por si hubiera que preparar algo.
¡¡¡Hip, Hip, Hurra!!!

Francisco Martínez-Abarca
Dpto de Microbiología y Sistemas Simbióticos
EEZ-CSIC
Granada

¡¡¡Preparados, no. Sobradamente preparados!!!

Bueno, señores, tras el último ensayo, creo que estamos razonablemente preparados para demostrar en cualquier foro lo que hemos hecho y hasta donde hemos llegado. Como llevamos diciendo desde nuestro comienzo, allá por el 8 de enero, nos queda la guinda. Tras ajustar tiempos, diapositivas y charlas, lo vamos a hace de la siguiente manera:

Empezará José Luis, continuará Miguel, y los que queden leerán las conclusiones, en principio, en el siguiente orden: Teresa, María José y Marina (las dos últimas si Paula finalmente no viene).

Todos debemos echarle un vistazo a todo por si debemos resolver "imponderables" de última hora. Os quiero con la adrenalina justa, ¡ni más ni menos!.

Las conclusiones finales de nuestro trabajo son:

CONCLUSIONS

1. Sinorhizobium meliloti is a soil bacteria which easily change from mucoid to non-mucoid phenotype in laboratory culture.

2. S. meliloti GR4 strain shows more frequently non-mucoid variants than AK21 and RMO17 strains.

3. Single mutations T337 and T565 present in the expR gene of the mutants Gr4-5.1.1 and GR4-6.3.1 respectively affect deeply the expR gene and probably explain the non-mucoid phenotype.

4. ExpR gene is a good candidate to analyze the mucoid and non-mucoid phenotypes.

En la recta final

Hola a todos:

Tras la última sesión, las directrices del trabajo ya están expuestas. Como primera premisa ya tenemos el título de nuestro trabajo:

"Single mutations in a unique gene explain the non-mucoid phenotype in a soil bacteria", del que se derivan las siguientes conclusiones:

1. Sinorhizobium meliloti is a soil bacteria which easily change from mucoid to non-mucoid phenotype in laboratory culture.

2. S. meliloti GR4 strain shows more frequently non-mucoid variants than AK21 and RMO17 strains.

3. ExpR gene is a good candidate to analyze the mucoid and non mucoid phenotypes.

4. The single mutations T337 and T565 present in the gene ExpR of the mutants GR4-5.1.1. and GR4-6.3.1 respectively affect deeply the ExpR gene and probably explain the non-mucoid phenotype.

Para todo ello debemos desarrollar el manuscrito. Como tarea pendiente debemos asignar las leyendas a las siguientes figuras:

Figure 1. Sinorhizobium meliloti mucoid and non-mucoid phenotypes.

Figure 2. PCR, DNA electrophoresis...

Figure 3. Electropherograms showing the point mutations found.

Figure 4. Consequences of point mutations on ExpR gene.

Manos a la obra. Además de las personas asignadas deberíamos participar todos en todas dando nuestra opinión.

Hurry up!!!

Dr Francisco Martínez-Abarca
Estación Experimental del Zaidín -CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda nº 1 
18008 Granada

El 19 de marzo de 2014: Una jornada difícil de olvidar

Hola a todos de nuevo.

Ayer miércoles experimentamos uno de los mejores momentos que tiene la investigación: EL DESCUBRIMIENTO. "La comprobación de que una hipótesis de partida ha sido acertada".

Además, Amparo Salido (técnico de secuenciación de la EEZ) nos enseñó el equipo que realizó la secuenciación de nuestros clones y nos mostró cómo surgieron esas secuencias.

Analizamos varias de las secuencias obtenidas de nuestros amplicones procedentes de muestras aisladas no mucosas y encontramos pequeñas diferencias (¿o no tan pequeñas? ver imagen). Analizando bien el significado de esa pequeña diferencia, el cambio de un solo nucleótido -de una G a una T-... ¡¡¡produce un cambio clave en la proteína ExpR!!!

Os recuerdo que analizamos, además del clon 5.1.1., una más, la 6.1.1. y encontramos una mutación parecida pero en otra coordenada del gen.

En estos días (mejor hoy que mañana) debemos de describr todas y cada una de las secuencias correspondientes al gen ExpR para todos los clones: 5.1.2, 6.3.1 y 6.4.2 y también en que consideramos ExpR wt, que se corresponden con las secuencias (2,4,5 y 6).
¡¡¡VENGA, QUE PODEMOS!!! 

Debemos tener todos los datos analizados e interpretados para el próximo día 2 de abril.

La comunicación, el póster y la presentación van a ser la GUINDA de este magnífico proyecto.

¡¡¡Nadie nos va a poder quitar esa satisfacción!!!

DESDE YA, enhorabuena por lo bien que lo estamos haciendo.

Hip, Hip, Hurra !!!

 

Dr Francisco Martínez-Abarca
Estación Experimental del Zaidín -CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda nº 1
18008 Granada

Tras la sesión (extra) del 6 de Marzo

Como pudisteis apreciar en esta última sesión, ya somos todos unos expertos. Y eso que estamos rodeados de las últimas pruebas del trimestre. Pero ayer fue toda una isla en medio de tanto estudio de exámenes. Debemos sorprendernos por lo bien que está saliendo todo.

Repasemos:

Día 8 de enero: nos dividimos las placas para aislar mutantes no-mucosos.

Día 14 de enero: ya se observan mutantes en las placas (bajo lupa).

Día 26 de enero: comenzamos a aislarlos clonalmente.

Día 31 de enero: ya confirmamos los aislados como no mucosos así como su procedencia de distintas colonas mucosas.

Día 5 de febrero: ¡nuestra primera electroforesis! Esta nos dio pie a pensar que ya teníamos toda una colección de fragmentos para analizar.

Dia 7 de marzo: Todavía nos quedaba saber si podíamos disponer de una segunda colección de fragmentos de ADN, ya procedente de nuestros mutantes.

¡¡¡Esto fue lo que resolvimos ayer!!! ¡¡¡Y con éxito!!! En la foto podéis ver el gel que nos salió. ¡¡¡Brillante!!!

Debemos repasar nuestra libreta y recordar cuáles son las bandas que escogimos para analizar. Os adjunto también la imagen de los mutantes, y ahora subrayados, aquellos que hemos escogido para el análisis.

Como os comenté ayer, nuestro EUREKA particular está cerca.

Las secuencias ya nos esperan ...

¡¡¡Hip Hip Hurra!!! 2e team.

Dr. Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Department of Microbiology

C/ Profesor Albareda 1

18008 Granada

Tras la sesión del 5 de febrero

Hola  todos:

Tras un poco de espacio de tiempo para asimilar, digerir, comprender (o semicomprender) el alcance de lo que hicimos ayer, ahí va una nueva entrada al blog. En ella podéis recordar lo que llevamos a cabo a través de las imágenes que se adjuntan. Pero por favor, no os quedéis solo en las imágenes, sino que estas sirvan para recordar al máximo lo que se dijo a lo largo de toda la sesión. Debemos interpretar varias cosas: cómo continuamos, a dónde vamos, qué queremos observar y cómo de cerca estamos de ello.

En la foto final (ver en Recursos/Imágenes: gel de agarosa I), podemos ver el resultado de la electroforesis de los amplificados correspondientes a los aislados previos al ocho de enero (ver la entrada anterior). Quiero que recordéis qué pusimos en la parte de arriba, el tamaño esperado y si todo concuerda. 

Pero sabemos que no todo concuerda. Por ejemplo, el número de pocillos arriba y abajo debía de ser el mismo. Eso es importante. Y se debe a algún error nuestro. Las matemáticas no engañan y donde había 15 tubos no pueda haber 16. ¿Qué ha pasado? ¿Cómo lo resolvemos?

Por otro lado tenemos a su vez diez nuevos aislados, lisados y con el DNA guardado para hacer el PCR doble (NifH y ExpR). Y una posible nueva cita, extra, para la semana del 3 al 7 de marzo.

¡¡¡APUNTADLO EN VUESTRAS AGENDAS!!!

¡¡¡AUPA 2e TEAM!!!

¡¡¡ESTAMOS CADA VEZ MÁS CERCA!!!

Dr Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Department of Microbiology

C/Profesor Albareda 1

18008 Granada

El estado actual de nuestra investigación

Hola a todos:

Tras el pasado miércoles, Miguel y yo estuvimos picando ya colonias individuales (clones) de las distintas placas extendidas. En la imagen tenéis el estado actual de nuestra investigación. Debemos anticiparnos a lo que estamos haciendo y pensar en tomar decisiones. Primero de todo debéis de entender el esquema y la figura. Repasadlo con vuestras libretas sobre lo que hicimos. Explicad el porqué de los colores y su posible significado (biológico). Una vez explicado será más fácil responder a las preguntas de ahí abajo. La decisión la debemos tomar entre todos. Secuenciar no es caro, pero no debemos hacerlo sin pensar.

Usad el blog para las respuestas.

Dr Francisco Martínez-Abarca
Estación Experimental del Zaidín - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda, 1. 18008 Granada.