El estado actual de nuestra investigación

Hola a todos:

Tras el pasado miércoles, Miguel y yo estuvimos picando ya colonias individuales (clones) de las distintas placas extendidas. En la imagen tenéis el estado actual de nuestra investigación. Debemos anticiparnos a lo que estamos haciendo y pensar en tomar decisiones. Primero de todo debéis de entender el esquema y la figura. Repasadlo con vuestras libretas sobre lo que hicimos. Explicad el porqué de los colores y su posible significado (biológico). Una vez explicado será más fácil responder a las preguntas de ahí abajo. La decisión la debemos tomar entre todos. Secuenciar no es caro, pero no debemos hacerlo sin pensar.

Usad el blog para las respuestas.

Dr Francisco Martínez-Abarca
Estación Experimental del Zaidín - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda, 1. 18008 Granada.

Tras nuestra segunda sesión de investigación

Hola a todos:

Aquí os muestro algunas de las imágenes (ejemplos de colonias-recursos) que nos ayudarán a recordar mejor lo que llevamos a cabo en la sesión del pasado 23 jueves.

¿Qué llevamos a cabo? Nos familiarizamos con las técnicas clásicas de Microbiología y por otro lado comprendimos la dificultad de llevar a cabo aislamientos finos en casa y con palillos. De cualquier forma, hemos observado la aparición de variantes no mucosas, en especial en uno de los aislados ¿en cuál? Pero también nos surgen otras preguntas: ¿Cuántos aislados hemos decidido picar? ¿Qué vamos a hacer para finalmente tener colonias individuales, es decir, clones de esas variantes? ¿Por qué es importante tener esos clones, homogéneos? ¿Cuántos clones homogéneos llevamos en danza? Haced un recuento de vuestros apuntes y enumeradlos.

Deberemos tomar decisiones acerca de la mejor estrategia para responder a la pregunta del comienzo del proyecto. No debemos de obtener muchas secuencias sino solo las necesarias (las mínimas) para responder a la pregunta planteada.

Por otro lado, pusimos en marcha nuestras dos reacciones de PCR (mirad los documentos en recursos). Una para el gen NifH y otra para el gen ExpR. Quiero que lo analicemos en detalle y observemos semejanzas y diferencias entre ambos análisis. Y debemos de preguntarnos el porqué de estas reacciones de PCR. La segunda está clara, ExpR, el gen que queremos analizar. Pero ¿para qué ponemos la primera? Pista: también es importante... Quiero que dialoguemos entre todos, bien desde el blog, bien a través de chats. Sobre todo para ayudar a Paula, que no estuvo, y que a lo mejor esto le puede sonar a "chino".

Poniendo en marcha la PCR.

Dr. Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC.

Departamento de Microbiología

¡¡Ya se observan variantes no-mucosos!!

Como podéis imaginar, aislar un revertiente no es tan fácil como llevaros unas placas a casa, observarlas y picarlas con un palillo. Afortunadamente nos quedamos en el laboratorio réplicas de lo que os llevásteis. Han aparecido varios revertientes en algunas de las placas. Para localizarlos y señalarlos hemos necesitado la lupa que veis en la imagen, instrumento que durante vuestra visita no hubo tiempo para enseñaros (ese día ya anduvimos bastante liados).

De manera anticipada, me he centrado en aislar 4 derivadas de RMO17, tres de la placa de Maria José (RMO17-8; 1, 2, 3) y una de la placa de Paula (lRMO17-7.1, la que podéis ver en la fotografía). En total tenemos posibilidades de incrementar el número de revertientes y extender el análisis a cuatro nuevas colonias de RMO17. Os recuerdo que por motivos que ya os relataré eran los revertientes que nos podrían interesar más.
En el resto han aparecido también. Todas ellas las he guardado en el frigorífico a 4ºC. Quiero que guardéis las placas en la nevera (4ºC). Ponerlas en un taper y separadlas de los alimentos. No os preocupeis que es algo seguro y no supone ningún problema. Si no fuera seguro no os lo diría. Cualquier duda vuestra o de vuestra familia consultádmela. Y no olvidéis traedlas el próximo día.
En principio la próxima visita será el dia 21. Estad atentos fundamentalmente al blog.
 

  

Por cierto, alguien se aventuraría a enviar comentarios a las dos preguntas de Jose Luis:
Francisco, me han surgido dos dudas:
1-¿La bacteria mutará porque hemos realizado la estría escocesa?
2-¿RMO107, GR4 y AK21 son distintas bacterias del género Meliloti?
Podéis responder haciendo comentarios a esta entrada del blog.

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada
Spain

Tras nuestra primera sesión de investigación

Hola a todos de nuevo:

Tras el primer día intenso, no intensísimo, se trata de digerir el Flash con el que os he bombardeado. Bienvenidos al apasionante mundo de la INVESTIGACIÓN. Os recomiendo que no dejéis de mirar la primera entrada de nuestro blog de nuevo. Seguro que ahora la leéis de nuevo y todo os resultará mucho más familiar. De eso se trata, de que aunque solo hayamos pasado unas horas juntos parezca que nos conocemos de toda la vida.

Tan solo un par de cosas:

1) LA PRIMERA IMPRESIÓN.

Debéis titularla: "Mi primer día en Investigación; nuestro proyecto PIIISA". Insisto, mejor hoy que mañana (a lo largo de esta semana, pongamos). Tampoco exageremos; podemos ser más precisos, pero en realidad busco entender lo que habéis sentido o creéis que vamos a sentir. La ciencia, como todo actividad humana, está regida por los sentimientos...

2) Debéis pasar a limpio todas vuestras anotaciones. Si es en un cuaderno (tamaño cuartilla) de anillas, mejor. Las libretas del científico son hojas llenas de fotos pegadas, recortadas e impresas. Debemos apuntar todo lo que hemos hecho esta mañana y quien lo ha hecho (las colonias tienen nombre!!). Si lo hacemos así, una gran parte del proyecto estará más que bien encaminada. Cuantas más cosas recordemos mejor para la interpretación de todos los resultados que salgan.

Por último, analizaré en parte las fotos y vídeos que salgan, algunos de ellos los pondré en esta web. Quiero algún que otro comentario sobre ellos; y por supuesto que las hagamos lo más dinámicas posibles.

La próxima cita queda abierta, pero id pensando en el martes 21 de enero. 

Un saludo. 

Dr. Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Department of Microbiology. 

C/ Profesor Albareda, 1.
18008 Granada. Spain.