Aquí os muestro algunas de las imágenes (ejemplos de colonias-recursos) que nos ayudarán a recordar mejor lo que llevamos a cabo en la sesión del pasado 23 jueves.
¿Qué llevamos a cabo? Nos familiarizamos con las técnicas clásicas de Microbiología y por otro lado comprendimos la dificultad de llevar a cabo aislamientos finos en casa y con palillos. De cualquier forma, hemos observado la aparición de variantes no mucosas, en especial en uno de los aislados ¿en cuál? Pero también nos surgen otras preguntas: ¿Cuántos aislados hemos decidido picar? ¿Qué vamos a hacer para finalmente tener colonias individuales, es decir, clones de esas variantes? ¿Por qué es importante tener esos clones, homogéneos? ¿Cuántos clones homogéneos llevamos en danza? Haced un recuento de vuestros apuntes y enumeradlos.
Deberemos tomar decisiones acerca de la mejor estrategia para responder a la pregunta del comienzo del proyecto. No debemos de obtener muchas secuencias sino solo las necesarias (las mínimas) para responder a la pregunta planteada.
Poniendo en marcha la PCR.
Dr. Francisco Martínez-Abarca
Estación Experimental del Zaidín - CSIC.
Departamento de Microbiología
Aunque solo estuve en una pequeña parte de la sesión, justo al final, cuando se ponía en marcha la PCR, la sensación de todo aquello se resume en una palabra que después comentábamos Paco y yo: vértigo. Para alguien como yo alejado tiempo de la Biología Molecular ver la aparente simplicidad de estas técnicas que cuando estudiábamos nos resultaban harto complicadas es algo, como digo, vertiginoso. Atrás quedan esas técnicas clásicas en las que la única manera de obtener cantidades apreciables de ADN era a partir una gran masa de bacterias o de cualquier otro organismo.
ResponderEliminarPero a pesar de esta aparente facilidad, a mi me quedan algunas dudas, que probablemente tendría resueltas si hubiese estado en toda la sesión. En principio se hizo una extracción de ADN de las distintas revertientes que es el que va a amplificar para su posterior secuenciación, por lo que debo suponer que hay múltiples copias del genoma de Sinorhizobium; pero ¿cómo se diseña y se obtiene el cebador específico para ese gen en concreto? En el proceso de extracción ¿se obtiene ADN completo o fragmentado? ¿Cómo son los fragmentos que se amplifican? Otra de las cosas que me resultó llamativa fue la manera tan sencilla de obtener ADN; en otros tiempos teníamos que recurrir a lisados de grandes cantidades de cultivos mediante instrumentos como el sonicador (en esencia algo parecido a un microondas). Supongo que teniendo a mano una PCR lo de cantidad de ADN que se extraiga pasará a un segundo plano siempre que haya para amplificar.
Y me gustaría tener las respuestas de los jóvenes que participan en este proceso. Es una buena ocasión para demostrar qué de estas cosas saben más que algún profe.