XV Ciencia en Acción. Barcelona 3-5 Octubre 2014

Señores, qué mayores nos hemos hecho. Vaya Congreso en Barcelona. Si el pasado de Bilbao fue impresionante ¡qué decir de éste! Habrá tenido la culpa la sesión científica de 5 horas de AVE. Creo que llegasteis a conocer el proyecto casi mejor que yo.

Porque, aunque todos tuvimos tiempo de visitar una parte del congreso en los otros stands, algo en el salón de actos, algo del museo CosmoCaixa, lo mejor, sin duda, fue nuestro taller. Y dentro de nuestro taller, probablemente nuestra comunicación fue de las que generó más bocas abiertas.

Creo que para no haber llevado el póster original no ha sido un mal congreso (es broma). Nadie nos hizo mención a vaya "porra" de póster; así que salimos más que airosos de ese desliz. Nunca la ausencia de un póster tuvo tan poca importancia (sé lo que me digo).

Bueno, pues esto es un congreso científico; los normales son un poco más aburridos, pero es que esto es Ciencia en Acción.

La labor queda bien hecha.

Enhorabuena a todos; hemos contribuido a un Gran Proyecto. No será fácil de olvidar.

Participantes en el proyecto Cómo mutan los genes junto a su investigador Fracisco Martínez-Abarca.

Nuestro stand.

Explicando a los visitantes el trabajo desarrollado.

Los asistentes atienden a nuestra exposición.

Participantes PIIISA en Ciencia en Acción junto a sus investigadores Francisco Martínez-Abarca y Javier Cáceres.

Francisco Martínez-Abarca

Investigador responsable de "Cómo mutan los genes".

La EEZ en Ciencia en Acción

Hola a todos:

En la web de la Estación Experimental del Zaidín (http://www.eez.csic.es/) ya se ha hecho hueco de la noticia del premio para Ciencia en Acción. Lo podéis ver en el siguiente enlace (http://www.eez.csic.es/?q=es/node/7078). Otro de los proyectos también ha sido galardonado, el que lleva por título  "Extractos de plantas para bloquear la formación de biopelículas bacterianas".

¡¡¡Enhorabuena de nuevo!!!

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008. Granada. Spain.

De nuevo finalistas en Ciencia en Acción

¡¡¡ENHORABUENIIIIIIIISIMA!!!.
Señores, Barcelona (3-5 de Octubre) nos espera.
Somos uno de los quince proyectos de la MODALIDAD “LABORATORIO DE BIOLOGÍA” que se presentaran en Barcelona este Otoño. Lo podéis ver pulsando en este enlace.
Creo que nos llega en el mejor momento.
-Ya sabemos lo que hemos hecho; sabemos que es algo IMPORTANTE; sabemos cómo lo debemos de exponer!!!
-Pero como todo, nuevos retos se plantean.
-Queremos más!!.
-Debemos dejar huella.
-De momento se me ocurren nuevas ideas con las que convencer a todo el que nos vea lo magnífico que ha sido nuestro proyecto.
Tendremos tiempo de ponerlas en práctica y pensarlas a mediados o finales de septiembre.
Viva el 2e PIIISA-Team!!!!.
We got it!!!

No dejéis de estar atentos al whatsapp!!!!

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada

PIIISA en Con Ciencia

Hola a todos:

Esta mañana, Domingo 1 de Junio, han puesto en canal sur un programa dedicado al PIIISA que podeis ver en el siguiente enlace: http://alacarta.canalsur.es/television/programa/con--ciencia/265
Un premio al que me diga en que momento sale una referencia a nuestro proyecto (usad el apartado comentario en el blog). Pista, solo nosotros nos daremos cuenta.
Un saludo y escucharlo, os sentireis reflejados en mucho de lo que ahi se cuenta.

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada Spain
Phone:+34 958 181600 ext. 311
Fax: +34 958129600"

IV Congreso PIIISA

Señores, ya sabemos lo que es un señor Congreso.

Me gustaría que analizáramos observando las distintas fotos lo que nos pasó el pasado Jueves 22 de Mayo. Esto que pudimos experimentar no es otra cosa que la fiesta de un gran congreso Científico. Donde se aportan ideas, se cargan las pilas, se conoce a grupos distintos, distintos enfoques e investigaciones. En resumen se interacciona con toda una comunidad científica (en este caso PIIISA). Como pudisteis comprobar tiene sus semejanzas y sus enormes diferencias con el Minicongreso EEZ-CSIC. Pero, ambos son necesarios:

Distintas gafas sobre un mismo objetivo.

¡Felíz final de curso y aún más, feliz verano!

 

 

 

 

No os desconectéis del todo, Ciencia en Acción se resuelve en julio...

Aupa super team 2e!!!

Enhorabuena a todos, vosotros, vuestros padres y a vuestros profesores.

 

Paco

 

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada // Spain “

Ya estamos en los medios

Como nos avisó el jueves pasado Javier Cáceres, los proyectos PIIISA ya están en los medios, y como no podía ser de otro modo, el nuestro es de los destacados. Comentemos la noticia con nuestros más allegados.

Hip, Hip, Hurra!!!!

 

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008
Granada
Spain

¡¡¡Qué bien lo hicimos!!!

Para ser nuestro primer congreso, la nota es de matrícula y alta. Señores... ¡qué nivel!. Incluso las respuestas a las preguntas de la sala fueron más que apropiadas. Pudísteis ver las distintas comunicaciones y lo buenas que fueron. Realmente para quitarse el sombrero.

 Ya los nervios superados, lo que queda a partir de ahora es disfrutar. El 22 de mayo nos veremos... Aunque quizá antes ¿no? No lo descartaremos por si hubiera que preparar algo.
¡¡¡Hip, Hip, Hurra!!!

Francisco Martínez-Abarca
Dpto de Microbiología y Sistemas Simbióticos
EEZ-CSIC
Granada

¡¡¡Preparados, no. Sobradamente preparados!!!

Bueno, señores, tras el último ensayo, creo que estamos razonablemente preparados para demostrar en cualquier foro lo que hemos hecho y hasta donde hemos llegado. Como llevamos diciendo desde nuestro comienzo, allá por el 8 de enero, nos queda la guinda. Tras ajustar tiempos, diapositivas y charlas, lo vamos a hace de la siguiente manera:

Empezará José Luis, continuará Miguel, y los que queden leerán las conclusiones, en principio, en el siguiente orden: Teresa, María José y Marina (las dos últimas si Paula finalmente no viene).

Todos debemos echarle un vistazo a todo por si debemos resolver "imponderables" de última hora. Os quiero con la adrenalina justa, ¡ni más ni menos!.

Las conclusiones finales de nuestro trabajo son:

CONCLUSIONS

1. Sinorhizobium meliloti is a soil bacteria which easily change from mucoid to non-mucoid phenotype in laboratory culture.

2. S. meliloti GR4 strain shows more frequently non-mucoid variants than AK21 and RMO17 strains.

3. Single mutations T337 and T565 present in the expR gene of the mutants Gr4-5.1.1 and GR4-6.3.1 respectively affect deeply the expR gene and probably explain the non-mucoid phenotype.

4. ExpR gene is a good candidate to analyze the mucoid and non-mucoid phenotypes.

En la recta final

Hola a todos:

Tras la última sesión, las directrices del trabajo ya están expuestas. Como primera premisa ya tenemos el título de nuestro trabajo:

"Single mutations in a unique gene explain the non-mucoid phenotype in a soil bacteria", del que se derivan las siguientes conclusiones:

1. Sinorhizobium meliloti is a soil bacteria which easily change from mucoid to non-mucoid phenotype in laboratory culture.

2. S. meliloti GR4 strain shows more frequently non-mucoid variants than AK21 and RMO17 strains.

3. ExpR gene is a good candidate to analyze the mucoid and non mucoid phenotypes.

4. The single mutations T337 and T565 present in the gene ExpR of the mutants GR4-5.1.1. and GR4-6.3.1 respectively affect deeply the ExpR gene and probably explain the non-mucoid phenotype.

Para todo ello debemos desarrollar el manuscrito. Como tarea pendiente debemos asignar las leyendas a las siguientes figuras:

Figure 1. Sinorhizobium meliloti mucoid and non-mucoid phenotypes.

Figure 2. PCR, DNA electrophoresis...

Figure 3. Electropherograms showing the point mutations found.

Figure 4. Consequences of point mutations on ExpR gene.

Manos a la obra. Además de las personas asignadas deberíamos participar todos en todas dando nuestra opinión.

Hurry up!!!

Dr Francisco Martínez-Abarca
Estación Experimental del Zaidín -CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda nº 1 
18008 Granada

El 19 de marzo de 2014: Una jornada difícil de olvidar

Hola a todos de nuevo.

Ayer miércoles experimentamos uno de los mejores momentos que tiene la investigación: EL DESCUBRIMIENTO. "La comprobación de que una hipótesis de partida ha sido acertada".

Además, Amparo Salido (técnico de secuenciación de la EEZ) nos enseñó el equipo que realizó la secuenciación de nuestros clones y nos mostró cómo surgieron esas secuencias.

Analizamos varias de las secuencias obtenidas de nuestros amplicones procedentes de muestras aisladas no mucosas y encontramos pequeñas diferencias (¿o no tan pequeñas? ver imagen). Analizando bien el significado de esa pequeña diferencia, el cambio de un solo nucleótido -de una G a una T-... ¡¡¡produce un cambio clave en la proteína ExpR!!!

Os recuerdo que analizamos, además del clon 5.1.1., una más, la 6.1.1. y encontramos una mutación parecida pero en otra coordenada del gen.

En estos días (mejor hoy que mañana) debemos de describr todas y cada una de las secuencias correspondientes al gen ExpR para todos los clones: 5.1.2, 6.3.1 y 6.4.2 y también en que consideramos ExpR wt, que se corresponden con las secuencias (2,4,5 y 6).
¡¡¡VENGA, QUE PODEMOS!!! 

Debemos tener todos los datos analizados e interpretados para el próximo día 2 de abril.

La comunicación, el póster y la presentación van a ser la GUINDA de este magnífico proyecto.

¡¡¡Nadie nos va a poder quitar esa satisfacción!!!

DESDE YA, enhorabuena por lo bien que lo estamos haciendo.

Hip, Hip, Hurra !!!

 

Dr Francisco Martínez-Abarca
Estación Experimental del Zaidín -CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda nº 1
18008 Granada

Tras la sesión (extra) del 6 de Marzo

Como pudisteis apreciar en esta última sesión, ya somos todos unos expertos. Y eso que estamos rodeados de las últimas pruebas del trimestre. Pero ayer fue toda una isla en medio de tanto estudio de exámenes. Debemos sorprendernos por lo bien que está saliendo todo.

Repasemos:

Día 8 de enero: nos dividimos las placas para aislar mutantes no-mucosos.

Día 14 de enero: ya se observan mutantes en las placas (bajo lupa).

Día 26 de enero: comenzamos a aislarlos clonalmente.

Día 31 de enero: ya confirmamos los aislados como no mucosos así como su procedencia de distintas colonas mucosas.

Día 5 de febrero: ¡nuestra primera electroforesis! Esta nos dio pie a pensar que ya teníamos toda una colección de fragmentos para analizar.

Dia 7 de marzo: Todavía nos quedaba saber si podíamos disponer de una segunda colección de fragmentos de ADN, ya procedente de nuestros mutantes.

¡¡¡Esto fue lo que resolvimos ayer!!! ¡¡¡Y con éxito!!! En la foto podéis ver el gel que nos salió. ¡¡¡Brillante!!!

Debemos repasar nuestra libreta y recordar cuáles son las bandas que escogimos para analizar. Os adjunto también la imagen de los mutantes, y ahora subrayados, aquellos que hemos escogido para el análisis.

Como os comenté ayer, nuestro EUREKA particular está cerca.

Las secuencias ya nos esperan ...

¡¡¡Hip Hip Hurra!!! 2e team.

Dr. Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Department of Microbiology

C/ Profesor Albareda 1

18008 Granada

Tras la sesión del 5 de febrero

Hola  todos:

Tras un poco de espacio de tiempo para asimilar, digerir, comprender (o semicomprender) el alcance de lo que hicimos ayer, ahí va una nueva entrada al blog. En ella podéis recordar lo que llevamos a cabo a través de las imágenes que se adjuntan. Pero por favor, no os quedéis solo en las imágenes, sino que estas sirvan para recordar al máximo lo que se dijo a lo largo de toda la sesión. Debemos interpretar varias cosas: cómo continuamos, a dónde vamos, qué queremos observar y cómo de cerca estamos de ello.

En la foto final (ver en Recursos/Imágenes: gel de agarosa I), podemos ver el resultado de la electroforesis de los amplificados correspondientes a los aislados previos al ocho de enero (ver la entrada anterior). Quiero que recordéis qué pusimos en la parte de arriba, el tamaño esperado y si todo concuerda. 

Pero sabemos que no todo concuerda. Por ejemplo, el número de pocillos arriba y abajo debía de ser el mismo. Eso es importante. Y se debe a algún error nuestro. Las matemáticas no engañan y donde había 15 tubos no pueda haber 16. ¿Qué ha pasado? ¿Cómo lo resolvemos?

Por otro lado tenemos a su vez diez nuevos aislados, lisados y con el DNA guardado para hacer el PCR doble (NifH y ExpR). Y una posible nueva cita, extra, para la semana del 3 al 7 de marzo.

¡¡¡APUNTADLO EN VUESTRAS AGENDAS!!!

¡¡¡AUPA 2e TEAM!!!

¡¡¡ESTAMOS CADA VEZ MÁS CERCA!!!

Dr Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Department of Microbiology

C/Profesor Albareda 1

18008 Granada

El estado actual de nuestra investigación

Hola a todos:

Tras el pasado miércoles, Miguel y yo estuvimos picando ya colonias individuales (clones) de las distintas placas extendidas. En la imagen tenéis el estado actual de nuestra investigación. Debemos anticiparnos a lo que estamos haciendo y pensar en tomar decisiones. Primero de todo debéis de entender el esquema y la figura. Repasadlo con vuestras libretas sobre lo que hicimos. Explicad el porqué de los colores y su posible significado (biológico). Una vez explicado será más fácil responder a las preguntas de ahí abajo. La decisión la debemos tomar entre todos. Secuenciar no es caro, pero no debemos hacerlo sin pensar.

Usad el blog para las respuestas.

Dr Francisco Martínez-Abarca
Estación Experimental del Zaidín - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda, 1. 18008 Granada.

Tras nuestra segunda sesión de investigación

Hola a todos:

Aquí os muestro algunas de las imágenes (ejemplos de colonias-recursos) que nos ayudarán a recordar mejor lo que llevamos a cabo en la sesión del pasado 23 jueves.

¿Qué llevamos a cabo? Nos familiarizamos con las técnicas clásicas de Microbiología y por otro lado comprendimos la dificultad de llevar a cabo aislamientos finos en casa y con palillos. De cualquier forma, hemos observado la aparición de variantes no mucosas, en especial en uno de los aislados ¿en cuál? Pero también nos surgen otras preguntas: ¿Cuántos aislados hemos decidido picar? ¿Qué vamos a hacer para finalmente tener colonias individuales, es decir, clones de esas variantes? ¿Por qué es importante tener esos clones, homogéneos? ¿Cuántos clones homogéneos llevamos en danza? Haced un recuento de vuestros apuntes y enumeradlos.

Deberemos tomar decisiones acerca de la mejor estrategia para responder a la pregunta del comienzo del proyecto. No debemos de obtener muchas secuencias sino solo las necesarias (las mínimas) para responder a la pregunta planteada.

Por otro lado, pusimos en marcha nuestras dos reacciones de PCR (mirad los documentos en recursos). Una para el gen NifH y otra para el gen ExpR. Quiero que lo analicemos en detalle y observemos semejanzas y diferencias entre ambos análisis. Y debemos de preguntarnos el porqué de estas reacciones de PCR. La segunda está clara, ExpR, el gen que queremos analizar. Pero ¿para qué ponemos la primera? Pista: también es importante... Quiero que dialoguemos entre todos, bien desde el blog, bien a través de chats. Sobre todo para ayudar a Paula, que no estuvo, y que a lo mejor esto le puede sonar a "chino".

Poniendo en marcha la PCR.

Dr. Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC.

Departamento de Microbiología

¡¡Ya se observan variantes no-mucosos!!

Como podéis imaginar, aislar un revertiente no es tan fácil como llevaros unas placas a casa, observarlas y picarlas con un palillo. Afortunadamente nos quedamos en el laboratorio réplicas de lo que os llevásteis. Han aparecido varios revertientes en algunas de las placas. Para localizarlos y señalarlos hemos necesitado la lupa que veis en la imagen, instrumento que durante vuestra visita no hubo tiempo para enseñaros (ese día ya anduvimos bastante liados).

De manera anticipada, me he centrado en aislar 4 derivadas de RMO17, tres de la placa de Maria José (RMO17-8; 1, 2, 3) y una de la placa de Paula (lRMO17-7.1, la que podéis ver en la fotografía). En total tenemos posibilidades de incrementar el número de revertientes y extender el análisis a cuatro nuevas colonias de RMO17. Os recuerdo que por motivos que ya os relataré eran los revertientes que nos podrían interesar más.
En el resto han aparecido también. Todas ellas las he guardado en el frigorífico a 4ºC. Quiero que guardéis las placas en la nevera (4ºC). Ponerlas en un taper y separadlas de los alimentos. No os preocupeis que es algo seguro y no supone ningún problema. Si no fuera seguro no os lo diría. Cualquier duda vuestra o de vuestra familia consultádmela. Y no olvidéis traedlas el próximo día.
En principio la próxima visita será el dia 21. Estad atentos fundamentalmente al blog.
 

  

Por cierto, alguien se aventuraría a enviar comentarios a las dos preguntas de Jose Luis:
Francisco, me han surgido dos dudas:
1-¿La bacteria mutará porque hemos realizado la estría escocesa?
2-¿RMO107, GR4 y AK21 son distintas bacterias del género Meliloti?
Podéis responder haciendo comentarios a esta entrada del blog.

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada
Spain

Tras nuestra primera sesión de investigación

Hola a todos de nuevo:

Tras el primer día intenso, no intensísimo, se trata de digerir el Flash con el que os he bombardeado. Bienvenidos al apasionante mundo de la INVESTIGACIÓN. Os recomiendo que no dejéis de mirar la primera entrada de nuestro blog de nuevo. Seguro que ahora la leéis de nuevo y todo os resultará mucho más familiar. De eso se trata, de que aunque solo hayamos pasado unas horas juntos parezca que nos conocemos de toda la vida.

Tan solo un par de cosas:

1) LA PRIMERA IMPRESIÓN.

Debéis titularla: "Mi primer día en Investigación; nuestro proyecto PIIISA". Insisto, mejor hoy que mañana (a lo largo de esta semana, pongamos). Tampoco exageremos; podemos ser más precisos, pero en realidad busco entender lo que habéis sentido o creéis que vamos a sentir. La ciencia, como todo actividad humana, está regida por los sentimientos...

2) Debéis pasar a limpio todas vuestras anotaciones. Si es en un cuaderno (tamaño cuartilla) de anillas, mejor. Las libretas del científico son hojas llenas de fotos pegadas, recortadas e impresas. Debemos apuntar todo lo que hemos hecho esta mañana y quien lo ha hecho (las colonias tienen nombre!!). Si lo hacemos así, una gran parte del proyecto estará más que bien encaminada. Cuantas más cosas recordemos mejor para la interpretación de todos los resultados que salgan.

Por último, analizaré en parte las fotos y vídeos que salgan, algunos de ellos los pondré en esta web. Quiero algún que otro comentario sobre ellos; y por supuesto que las hagamos lo más dinámicas posibles.

La próxima cita queda abierta, pero id pensando en el martes 21 de enero. 

Un saludo. 

Dr. Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Department of Microbiology. 

C/ Profesor Albareda, 1.
18008 Granada. Spain.